Xã Hồng Kỳ được thành lập năm 1994 trên cơ sở một phần diện tích và dân số của xã Đồng Kỳ[3].

Năm 2008, một phần diện tích của xã Hồng Kỳ (107,76 ha) cùng với một phần diện tích các xã Phồn Xương, Tân Sỏi, Đồng Lạc, Tam Hiệp, Đồng Vương và dân số của thị trấn Nông trường Yên Thế được tách ra để thành lập xã Đồng Tâm[1].